Квоты для участия в финальном этапе Кубка России-2016 были распределены между региональным зонами следующим образом: зона «Центр» (Москва и Санкт-Петербург) – 6 команд, зона «Приволжье» – 2 команды, зона «Юг» – 2 команды, зона «Черноземье» – 1 команда, зона «Урал» – 1 команда, зона «Сибирь» – 1 команда, зона «Золотое кольцо» – 1 команда, зона «Дальний Восток» – 1 команда, зона «Калининград» – 1 команда.
Также было установлено единое трансферное окно, в течение которого игроки могут поменять клуб, – с 8 по 18 августа.